Несколько корректнее перевести "вышний государь" (император это, строго говоря, хуанди).
Это действительно очень древний термин, встречающийся уже в первых письменных памятниках. Позднее китайцы больше предпочитали говорить об абстрактном "небе" (тянь).
Видимо, официально признать этот термин было бы слишком большой инкультурацией. Но то, что он используется в обиходе, было для меня новой информацией, за которую благодарю.
С "шэнь", насколько я понимаю, проблема та, что этот иероглиф означает вообще всё сверхъестественное, и преимущественно духов в чисто языческом понимании.
Да, китайскую традицию удивительно сложно заточить под передачу христианских текстов. Но, в общем, задача не является неразрешимой.