На эту тему можно много почитать интересного в интернете.
Моё же мнение, что в те времена, некоторые семантические конструкции были привычны в разных словесных вариантах.
Предполагаю, Господь просто использовал наиболее понятную форму в первом случае и во втором.
Ибо небо, небеса - это то таинственное место, откуда Бог смотрит на людей, откуда звучит Его голос, где Его престол располагается.
При этом, все понимали, конечно, что Бог везде: "Небо и небо небес не вмещают Тебя", "Взойду ли на небо – Ты там; сойду ли в преисподнюю – и там Ты".
